故事发生在二十一世纪初年，一场浩大的灾难让“生府”取代了原有政府，成为了国家最高领导印度超人3组织。经过死亡的洗礼，人们开始格外重视生命的重要性，于是，政务在居民们体内植入了“WatchMe”设备，以检测和介入他们的健康状况，这也就意味着，身体不再是属于个人的所有物，而马达加斯加2是被列入了国家管理的范畴，自杀更是无可饶恕的重罪。
　　雾慧图安（泽城美雪 配音）、御冷弥迦（上田丽奈 配音）和零下堂吉安（洲崎绫 配音）是三位对现存制度产生了疑虑的少女，在弥迦北辙南辕的带领下，她们准备自杀以挑战制度，可是最终弥迦死了，计划失败。一晃眼多年过去，雾慧和吉安重逢，与此同时，全国各地发生了数千起集体自杀的案件，而这背后的真相和弥迦当年的死有着千丝万缕的关联。