清乾隆三十五年，大将军兆惠奉旨领军十万与天山南路回部酋王霍集占殊死决战。战争的起因在于霍集占的美丽妻子，天生丽质通体溢香的“香妃”。
　　河间府献县人，纪晓岚，生有异禀，但性格孤傲。此时他正在酒楼闲坐，听见征西将士叙述天山见闻及香妃传奇，不禁挥词一首，并谱乐供人演唱，不久，这支歌曲便传入了紫禁城内。
　　乾隆帝弘历大为震怒，并下旨捉拿撰词之人正法。同时他出了一道上联，要求群臣对出下联。弘历与皇后素不和睦，言谈间提起有异香的天山圣妃，太后斥为妖孽，凡近其身者终无善果。
　　天下四野出了朝廷布告，皇上征求擅长对对联者入宫，但条件苛刻，无一敢去揭榜，纪晓岚看了布告大骂圣上不务正业。
　　天山战场上，霍集占将家小托付香妃，霍集占战死，乾隆急递旨意，需生擒香妃入京，香妃为了一干老小的安全，只好随兆惠去京，途中与四侍女决定伺机逃往，而设法掩护香妃的正是纪晓岚。
　　弘历得知后怅惘，做了一个大胆的措施，决定独自寻找香妃下落。纪晓岚教香妃去秦岭红莲庵找一老尼，商量安身之处。香妃以贴身玉牌回赠纪晓岚，互道珍重而别，纪晓岚夫人，性格泼辣的马月芳闻之醋意大发。
　　弘历龙驾失踪，太后怒究，百余人遭受鞭笞，弘历以“高天赐”为名，直奔西去，沿途让神偷周日青盯上。香妃找到红莲庵，老尼热诚接待，香妃等身入中原，暂时有了栖身之处。
　　弘历碰见纪晓岚，向纪晓岚请教有关讯息，不料纪晓岚推的一干二净，还十万个冷笑话第三季大骂当今皇上以战制战的暴行，弘历又不便发怒。图狄贡包围弘历，救下了香妃。图狄贡认出弘历。
　　香妃始知是仇人，把剑向弘历刺来，纪晓岚得知高天赐是当今皇帝，于是向香妃兄妹展开辩口，说服香妃兄妹随弘历进北京，为回疆万民磋商繁荣之道，纪晓岚为了保全性命却连夜逃走。
　　弘历回京后，身在异乡的香妃陷于战乱与乡愁的悲凄情绪之中，终日自己坐下去无话无笑。众妃对香妃妒忌，以皇后为首的内宫保卫战迅速展开。皇后及哥哥多罗亲王紧锣密鼓对付香妃，要在弘历回京之前置她于死地，因此不断陷害打击，香妃万般无奈下吞下断魂回命丸，可让人暂时停止呼吸及脉搏达七天七夜。
　　纪晓岚劝香妃以自身之变为回疆与中原之间交流的契机，争取双方了解和团结，纪晓岚并向弘历提建议：使宝月楼自成一个完整的回疆部落，设官吏及侍卫，宫内所有单位无论亲疏，概不得擅入宝月楼，违者重罚，使香妃有归属感及安全感，留下来接收中原文化。
　　弘历对纪晓岚更加宠爱有加，但纪晓岚不领情，他直率地说：我做这事不是为你弘历对香妃的一己之私，而是为了回疆民族有机会与中原文化融为一体，表示把所赐银子退回，弘历被他气得两眼发直。
　　弘历在意乱情迷中失控和沉沦，纪晓岚为此与弘历严肃地谈过，但没有用。不仅主动呵护她，也看得出来，很多地方是香妃在主动地吸引弘历。
　　由于郎世宁的版画在欧洲传播开来，许多君王及贵族阶级知道中国有着一位国色天香的回疆女子，纷纷向弘历威迫利诱。情报传来，头一个按捺不住的便是太后钮骨禄氏，她不允许弘历再为香妃耗时费力，于是动用了血滴子。
　　弘历得知香妃死去，几天几夜，滴水未进，气若游丝。弘历渐渐怀疑太后绞杀香妃与纪晓岚有关，下令将纪晓岚放逐，终身不得入京，纪晓岚不争不辩，披枷戴锁，徒步西进。
　　两年后，弘历才知，香妃并没有死，而是撤出京都回返天山，以使弘历全心治理朝政，抵御外侮。弘历和香妃劫后重逢，不想回京，而要做一世的牧郎。这个决定使纪晓岚惊愕，使图狄贡为难，更使香妃走上别无选择的绝路。
　　当弘历脱下帝冠，向东跪拜时，香妃已自缢于山林。弘历求纪晓岚跟他回文澜阁，他们要一同讨论治满汉于一炉，他们要一同施新政平民怨，他们更是一同编篡流世长远的“四库全书”。