据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。
　　为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃直播中国女排今晚比赛晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付给了小胜。在远方一片森林深处，岩石发出了绿光，这些绿光聚集到小胜眼前的结晶。结晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光辉中伸展出许多白色线条，同时慢慢变形。待白光褪去，结晶已经变成了基拉祈。希望基拉祈真的能实现愿望，小胜向基拉祈许愿，希望得到糖果，糖果随即出现——但事实上基拉祈仅仅使用了瞬间转移从小市搬来了糖果，并没有创造它们。
　　巴特勒的野心随即揭晓：他本是岩浆团的成员，致力于复活超古代神奇宝贝固拉多。他研发出了完美的系统，但无法找到足够的能源光荣使命游戏支持；为此，他企图利用基拉祈吸收的能量来满足自己的目的。预见了潜在危险的阿勃梭鲁——其出现往往昭示着灾难——带领黛安和小智一行启程赶回法恩斯。在基拉祈回归沉睡的前一天，小胜为即将失去一位朋友而感到失落，所以小智讲述了自己的朋友之一——小霞的故事，并说即便二人再难见面，但二人的友谊长存。在一行人赶到之前，巴特勒追赶而至，夺走了基拉祈并尝试获取能量。巴特勒的计划实施后，一只假固拉多被创造出来，后者开始将法恩斯化为荒芜，杀死了身周的植物，并不断吸收所有活着的生物。当戴安被假固拉多吞没之时，巴特勒终于认识到二人的感情才是最重要的，在小智与成龙历险记2小胜的帮助之下，巴特勒终止了进程，假固拉多融化并最终消逝。
　　基拉祈重新吸收了创造出固拉多的能量，并陷入了千年沉睡。小遥因为过度兴奋，忘记了折入最后一个星星的角。尽管小遥从未表明自己的愿望，她坚信这愿望定会成真。